מערכת הגפ"ן מסייעת למנהלות ומנהלים לממש הלכה למעשה את החזון, המטרות והיעדים שנקבעו. הערך המוסף שהתפתח עם הטמעת הגפ"ן הוא קידום תרבות עבודה מבוססת נתונים לטובת ניהול פדגוגי איכותי.
תוכנית הגמישות הניהולית נועדה לאפשר למנהלי בתי הספר ולרשויות המקומיות לממש באופן מיטבי את יעדי החינוך מתוך כבוד לניסיונם ותוך הכרה ביכולתם להתאים את המשאבים והמענים של הגפ"ן לצרכים הייחודיים של קהילתם. מערכת גפ"ן מציעה למנהלי בתי הספר מענים רבים ומגוונים, והמנהלים יכולים לבחור מתוך מגוון זה תוך ניהול מושכל של תקציב בית הספר העומד לרשותם.